湖面標高が高く、また水深が浅いことから厳寒期には全面結氷することもあり、近年では2006年1月10日にほぼ全面の結氷が確認された。
砂嘴の「みさき」（通称大間々岬）で区切られる平野湾処（ひらのわんど）は水深が浅く、コイやウグイ、ワカサギが生息。
明治期にはヒメマスの放流が試みられたが失敗し、1919年（大正8年）に、東京帝国大学教授の雨宮育作により、 ワカサギの試験放流が成功し、ウナギやコイなどが放流された。波が穏やかなため毎年結氷し、ワカサギの穴釣りが行われる。近年はブラックバスやブルーギルなどの外来種が増殖。
「みさき」のズミの大木は山中湖村の天然記念物に指定されている。

平野地区の通称・ママの森の沖合には、フジマリモが生息することが、1956年（昭和31年）に小学校の授業中に発見された。通常、高緯度地方に生息するマリモの分布南限であることから、山梨県の天然記念物に指定されている。